Il convento francescano di cui faceva parte la casa e l’adiacente chiesa dell'Abbazia della Misericordia entrarono poi nel complesso della Scuola vecchia della Misericordia. In particolare, gli edifici che ora ospitano Casa Baseggio, da convento divennero una sorta di ospizio per i confratelli poveri della Scuola della Misericordia, fino alla caduta della Serenissima, nel 1797, quando per ordine di Napoleone tutte le Scuole veneziane vennero abolite. La casa, a seguito di tale evento e fino ad oggi, è divenuta abitazione di privati.

Questa è una delle aree più silenziose e romantiche della città. Al centro del piccolo campo dell'Abbazia, uno dei pochi che ancora conservano la antica pavimentazione in cotto, si trovano la Scuola Vecchia della Misericordia e l’abbazia di Santa Maria della Misericordia, detta semplicemente Misericordia.

La chiesa dell'Abbazia, costruita nel XIII sec. dalla confraternita della misericordia, era chiamata in principio Santa Maria di Val Verde perché sorgeva in una zona incolta. L’interno ha mantenuto le forme gotiche, ma la sfarzosa facciata fu rimodellata nel XVIII secolo da un allievo di Gian Lorenzo Bernini. Il fronte barocco, tripartito da lesene molto sporgenti che reggono il timpano curvilineo affiancato dai raccordi orizzontali, è piuttosto inusuale a Venezia e sembra abbia suscitato l’ammirazione dei veneziani, notoriamente poco favorevoli alle novità. Nell'unica navata della chiesa si conserva ben poco del ricco arredo che la impreziosiva, disperso nel XIX sec. A fianco dell’abbazia sorge la Scuola Vecchia in cui si riunivano i confratelli, oggi sede di un laboratorio di restauro. Essa conserva il suo aspetto gotico del XIV sec., ma non è più decorata dallo splendido portale in marmo, oggi esposto al Victoria and Albert Museum di Londra. Negli anni venti il pittore Italico Brass, nonno del noto regista Tinto, esponeva le sue opere nella Scuola Vecchia. Nel XVI sec. i confratelli si stabilirono dall'altra parte del canale, nella Scuola Nuova della Misericordia, rimasta incompiuta e fino a qualche anno fa utilizzata come palestra da una famosa squadra di basket che si allenava fra le pareti e il soffitto affrescati.